ジャック・バウアー完全復活！ ＣＴＵの閉鎖に伴い仲間たちは散り散りになり、拷問による捜査で罪を問われるジャック。そんな状況下で、米国に再び危機が迫る。女性大統領を襲う、政権の腐敗とテロの驚異。国家を救うため、ジャックは1人で立ち向かう！
再会を果たした愛娘キムの申し出を断り、迫り来る死と向き合う覚悟を固めたジャック。だが、盟友トニーが自分を裏切り、協力者ガルヴェスに生物兵器を持ち去らせたことは知る由もなかった。ラリー殉職の知らせに衝撃を受けるルネもまた、彼に止めを刺したのがトニーだとは夢にも思わぬまま、消えた生物兵器を追って現場捜査に向かう。ジャックも同行するものの、症状は急速に進み、彼の記憶力や体力を奪っていくのだった。一方、FBIに移送途中のホッジスは、すべてを闇に葬るべく、服毒自殺を図る。しかし、真の黒幕は彼ではなかった……。余命わずかなジャックは、果たして真相に辿り着けるのか？アフリカ・サンガラから始まった陰謀が、ついに一本の線に結ばれる！
